Instalado em um casarão construído em 1908, no local onde até o final do século XIX existia o Forte Augusto. Nos jardins do Museu destacam-se os belos portões de ferro e um canhão originário da Fortaleza da Barra Grande. O Museu de Pesca encanta os visitantes há mais de meio século. Seu acervo apresenta diversas espécies de peixes, crustáceos, moluscos, aves e mamíferos marinhos taxidermizados, conchas de moluscos, corais etc, além de maquetes de embarcações, equipamentos utilizados na pesca, obras artísticas etc.

As principais atrações são o esqueleto de uma baleia-fin, Balaenoptera physalus (23 metros), tubarões de diversos tamanhos e espécies (algumas raríssimas), a Ala Lúdica Petrobras (com destaque para a "sala da praia", que reproduz fielmente quatro ecossistemas marinhos do litoral paulista), uma embarcação baleeira, Marcílio Dias, de 7m de extensão da década de 30; uma grande coleção de areias de praias do Brasil e do mundo, lulas gigantes (5 m) etc.. Além das visitas, o Museu promove cursos, palestras, visitas monitoradas e orientação de trabalhos escolares sobre ecossistemas aquáticos e pesca.

Denominado atualmente de Museu do Instituto de Pesca, está vinculado ao Centro Avançado de Pesquisa Tecnológica do Agronegócio do Pescado Marinho do Instituto de Pesca, órgão ligado à pesquisa científica em recursos aquáticos renováveis (pesca e aqüicultura), da Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios da Secretaria de Agricultura e Abastecimento do Estado de São Paulo. A função básica do Museu é desenvolver ações científico-culturais, levando a comunidade a conhecer o ambiente aquático e se conscientizar da importância da sua preservação e utilização racional.