Localizado no prédio da Faap, existe desde 1961. Foi inaugurado com uma exposição de obras barrocas brasileiras que reuniu pinturas, objetos feitos em ouro, imagens sacras e móveis. Para a ocasião, foram moldados em gesso os profetas feitos por Aleijadinho para o pátio da igreja de Bom Jesus de Matozinhos, em Congonhas do Campo, Minas Gerais, e alguns portais de igrejas e residências mineiros e baianos. Até hoje esses moldes ocupam o saguão principal e são uma característica do lugar.

Outra marca do museu são os painéis de vitrais que ocupam uma parede e o teto do edifício. Um deles reúne 56 projetos de artistas brasileiros, como Lasar Segall, Bruno Giorgi, Portinari e Tarsila do Amaral. Em 1997, o museu passou por uma reforma em sua área administrativa e na Sala Annie Álvares Penteado, que ganhou climatização e foi modernizada.

O acervo reúne cerca de 2 500 obras, desde o século 19, de artistas brasileiros e estrangeiros radicados no Brasil. Possui trabalhos de vários nomes ligados ao Modernismo, como Di Cavalcanti, Brecheret e Anita Malfati - autora de Homem das Sete Cores, presente na Semana de 22. Em sua área externa, podem ser encontradas esculturas de Vlavianos, Bruno Giorgi e Brecheret, entre outros. O museu também abriga exposições temporárias, destinadas a mostrar as tendências da arte contemporânea nacional.

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